在没有临床医疗管理系统的情况下，私营医护机构要应付不少挑战，包括复杂的诊所管理和行政问题。为了帮助医护机构管理诊所纪录和改善工作流程，政府开发了以下两个系统，供医护机构免费使用。
临床医疗管理系统连接部件是专为本地私营诊所而设的一站式临床医疗管理系统，让个人或联合执业的私营医护机构采用，以低投资成本连接医健通。
临床医疗管理系统连接部件支援诊所的行政运作及临床管理，包括病人登记和预约、诊症、处方及配药，和管理药品存货。此外，它容许医护机构在取得病人的互通同意下，将病人的临床资料互通至医健通。
中医作为综合治疗日益普及并获大众认同。医健通第二阶段发展将扩大可互通范围至中医药资料。
为互通中医药资料作好准备，政府开发了与「临床医疗管理系统连接部件」类近的一站式临床医疗管理系统，名为「医承通」，供中医诊所免费使用。
