當成功開設醫護機構轄下的醫健通帳戶後，用户將透過所選擇的通訊方式（短訊或電子郵件），收到兩組八位數字的預設密碼。為保障帳戶安全，用户應在首次登入後，立即設定新的高強度密碼代替預設的密碼，並定期更改。
密碼格式要求
第一密碼
- 密碼必須由8至18位字元組成
- 不可重複使用前6次的密碼
- 最少包含以下四類字元的其中三類：
- 大寫英文字母（A至Z）
- 小寫英文字母（a至z）
- 數字（0至9）
- 符號（^,()=&"><| 除外）
第二密碼
- 英文字母和數字（即英文字母（A至Z，a至z）及／或數字（0至9）
- 長度由8至20位字元組成
- 不可包含個人英文姓氏或名字
- 不可包含英文字「password」
- 不可包含登入名稱及第一密碼
- 不可包含同一字元3次或以上（如aaaaa，888）
忘記密碼
如果用戶忘記他／她的登入密碼，可致電電子健康紀錄申請及諮詢中心的24小時醫護人員查詢熱線(852) 3467 6230，透過語音系統重設密碼：
- 選擇語言後，按「2」- 管理電子健康紀錄戶口；
- 輸入香港身份證號碼以核實身份；及
- 按「1」- 重設第一密碼或按「2」- 重設第二密碼。