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按職能設定取覽限制 醫護提供者只能取覽所照顧病人的健康紀錄，並須事先獲病人同意。系統同時會按不同醫護提供者的臨床需要或職能，設立取覽權限機制。互通系統推行初期，醫護提供者可給予轄下醫生、護士和牙醫權限，取覽所照顧病人的健康紀錄。行政人員用戶只能有限度查閱病人登記的個人資料，其權限不包括病人的健康紀錄。所有醫護人員用戶登入電子健康紀錄互通系統時，須先通過組合認證核實身分，例如密碼、數碼證書或保安編碼器認證等。互通系統亦會透過中央數據庫驗證用戶的專業身分，才會容許他們取覽資料。
審核控制及發出取覽通知 電子健康紀錄互通系統會記錄所有登入活動，以偵測和追查資料有否被不當存取。任何人取覽電子健康紀錄時，系統會以短訊或電郵通知有關病人，提防有人未獲授權而查閱病人的健康紀錄。 
限制下載 由於不少電腦保安事故是由下載數據及不當處理／使用數據導致的，為防範資料外洩及／或被誤用，用戶從互通系統下載健康紀錄資料會受限制。然而，系統容許有限度下載如個人資料總索引及敏感／不良藥物反應等資料，以協助醫護提供者管理病人和作出重要臨床決定。 
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修訂日期: 2015年5月30日
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